敵対する組織

ΨI/ONETには、無辜の人々に仇なす組織・団体が数多く存在する。これらの組織は、シナリオの黒幕にしたり、逆にプレイヤーの所属する組織とする事ができる。それぞれの組織には達成すべき大義が存在し、大義を達成するための武力を持っている。以下に各組織の概要・大義を記す。

ΨI/ONET教団

ΨI/ONETに意思を支配された人間や、ΨI/ONETと自発的に接続した人間から構成されるカルト集団。実体を持たないΨI/ONETの手足として行動する。

大義：ΨI/ONETの意思を遂行する。

人間主義者

反シンクロノード過激派団体。インプラントされた人物やサイボーグを積極的に殺害しようとする。

大義：純粋な人間による社会を復活させる。

藤宮生化学工業

生物化学研究に秀でた企業。民間に医薬品や健康サプリメントを販売する名の知れた大企業だが、裏では法で禁じられたバイオーグの研究やウイルスの研究を進めている。

大義：最高の生物種を作り上げる。

自由解放戦線

企業支配を嫌う人々の集団。企業を打ち倒し、労働者が自由に生きられる新世界を夢見て企業施設を破壊する。

大義：大企業を滅ぼす。

ドミナス・インペリアム

自分たちこそが旧人類を支配するために生まれた新たなる優れた人類だと考える、バイオーグによる秘密組織。自分たちの同胞を生み出す研究を行うほか、軍隊として使役するための下級バイオーグを作り出す。

大義：世界の新たな支配者となる。

ワンアームド・アームズ

ΨI/ONET世界の影で暗躍するマフィア組織。入団の通過儀礼として片腕をサイボーグ化させるのが特徴。違法な品の売買や暗殺などの非合法活動を行う。

大義：組織の権力を増強させる。

ヒューマン・デストロイヤー

人類に虐げられ、復讐を決意したロボットやアンドロイドたちの組織。人類を攻撃し、ロボットを仲間に引き入れようとする。

大義：ロボットを虐げる人類を滅ぼす。

特務機関A.E.G.I.S.

もはや法律では抑えきれない企業の暴走に危機感を覚えた政府が創設した秘密組織。企業やその他の団体の違法活動を密かに調査して破壊工作を行う諜報機関。

大義：国益を守る。

ダイコクインダストリアル

昨今にはびこるナノテクノロジーの風潮に反旗を翻し、大艦巨砲主義を掲げる企業。巨大ロボットの製造に長けており、国内のマシントルーパー市場ではシェア80％を誇る。試作兵器の試験運用のため、人間主義者に自社製品を販売してテロ行為を助長している。

大義：大艦巨砲主義の極致に到達する。

ミセリコルデ・コーポレーション

光学兵器の権威であり、マシントルーパー用のレーザーブレード・治安維持隊用のレーザーライフル・侵入防衛用のレーザータレットまで数多くの光学兵器を手掛ける世界企業。一方で、開発した兵器を主に大企業や政府管轄の部隊にのみ販売し、企業と民間とのパワーバランスをより企業側に傾けている側面もある。

大義：企業支配を確固たるものとする。

ヒューマン・タレント・ギフト・ショップ

自らの生み出したシンクロノード拡張機能をこの世で最も優れたソフトウェアであるとし、その性能を最大限発揮するためには最高級の素体、すなわち人間が必要であると考える集団。市井の人間に「贈り物」としてA級シンクロノード相当の力を与えるが、その実態はデータ採取のための実験であり、彼らの手で力を得た者はその悉くが破滅を迎える。

大義：自分たちが作り出した最高のソフトウェアに見合うハードウェア（人間）を探す。